Analisis de expresion diferencial; Cx3cr1-deficient microglia exhibit a premature aging transcriptome (SRP199678)

Lot Mateo Hernández Espinosa

Antecedentes

El envejecimiento es, en gran parte, todavía un misterio. No sabemos a ciencia cierta que lo provoca, que significa biologicamente su progreso, o cuales de las tantas maneras en las que se presenta a nivel celular son una consecuencia o causa de este. Una teoría relativamente recientemente nos dice que una posible causa principal de este fenómeno es la acumulación de mutaciones epigeneticas en las células, estas causan que genes sean desregulados en la célula, genes que deberían estar apagados en un tipo celular se encienden, genes esenciales para cierto tipo celular son apagados, y en general hay cambios en los niveles de expresión en todo el genoma. Estos cambios hacen que las células pierdan poco a poco su identidad y funcionen cada vez peor, lo que causa que órganos empiecen a fallar, aumenta la posibilidad de cáncer por desregulacion de oncogenes y en general causa los fenotipos que asociamos con la edad avanzada.

El estudio que voy a usar para mi análisis busca ver si mutaciones en el gen Cx3cr1 aceleran este envejecimiento epigenetico, para esto hicieron RNA seq de ratones mutantes KO para este gen, heterocigotos y WT. Si su hipótesis es cierta, deberíamos de ver como el transcriptoma de los ratones KO se “degrada” (o mas bien, la identidad de este) mas rápido que el de ratones WT. Algo como esto:

Ejemplo de un transcriptoma ‘envejeciendo’
Source: https://yankner.hms.harvard.edu/research/transcriptional-and-epigenetic-regulation-aging-brain

Datos y Modelo Estadistico

Como ya mencione, tenemos 3 tipos de ratones en cuanto a genotipo. Aquellos que no tienen Cx3cr1 (KO), aquellos con solo una copia (Het) y los controles, con ambas copias (WT). Para este análisis también tomamos en cuenta, por obvias razones, la edad de los ratones, muestras se tomaron de todos los grupos de ratones a 2, 12 y 24 meses de edad. Para tomar en cuenta todas estas variables, se agruparan los datos en 9 grupos, representados en el modelo estadístico:

Modelo Estadistico para el Análisis

##Análisis Primero, para ver si todos los grupos tienen el mismo nivel de calidad de datos, usando como referencia la proporción de lecturas, ploteamos esto comparando los 9 grupos.

Modelo Estadistico para el Análisis